В ГБУЗ «ВОКНД» в стационарном режиме функционируют 9 отделений. Семь из них, расположены в Тракторозаводском районе по адресу ул. Дегтярева 8, в том числе отделение неотложной наркологической помощи, отделение медицинской реабилитации для лиц с наркологическими расстройствами и наркологическое отделение для несовершеннолетних.

С целью повышения доступности специализированной наркологической помощи и медицинской реабилитации пациентам, в Красноармейском районе открыто стационарное отделение № 2 и отделение медицинской реабилитации для лиц с наркологическими расстройствами для несовершеннолетних по адресу ул. Арсеньева 10.

Стационарная служба ГБУЗ «ВОКНД» курируется заместителем главного врача по медицинской части и главной медицинской сестрой.